一、管轄
本署轄區包括福建金門、連江（俗稱馬祖）二縣。所轄第一審檢察機關為福建金門地方檢察署（下稱金門地檢署）及福建連江地方檢察署（下稱連江地檢署）。

二、監督
本署管轄區域為福建金門、連江二縣。因無福建高等檢察署之設置，故本署之行政業務由法務部直接監督，檢察業務隸屬最高檢察署指揮監督，本署則督導金門地檢署及連江地檢署之檢察業務，謹將本署監督系統流程圖列之如下：

為加強督導功能，經依照法務部及最高法院檢察署函示，加強督導轄區地檢署查賄、反毒、肅貪及辦理法律宣導；並指派檢察官赴轄區金門、連江地檢署，辦理年度及每季之檢察業務專案檢查，以瞭解所屬地檢署有無依照「檢察機關妥速辦理刑事案件實施要點」及「檢察機關辦案期限及防止稽延實施要點」之規定妥速處理案件，避免稽延，以保障人民受妥速偵查之權利，並依檢查結果，詳列優缺點及應行改進事項，發函督導改進。