一、本署成立經過

• 本署於民國40年11月6日(1951-11-6)成立，原名「福建高等法院廈門分院檢察處」辦公處所設於臺北。
• 民國79年7月1日(1990-7-1)奉行政院核定更名為「福建高等法院金門分院檢察署」。
• 民國82年2月15日(1993-2-15)起遵照立法院之決議，遷回金門辦公；暫存臺北辦公室以便利兼任本署之檢察官在臺北處理公務，直至民國97年8月1日(2008-8-1) 本署臺北辦公室廢設。
• 因應法院組織法之修訂，本署機關名稱自107年5月25日(2018-5-25)起辦理更名為「福建高等檢察署金門檢察分署」。

二、金馬檢察制度沿革

• 成立縣司法處

金門地區於民國4年始設縣分治，由縣知事兼理司法；民國8年置承審員，是為專設司法人員之始；民國26年至34年金門為日軍所占據，34年設縣司法處，由福建高等法院派主任審判官，檢察業務由縣長兼理，民國45年3月成立福建金門地方法院並設檢察處，統屬行政院司法行政部。

• 戰地戒嚴體制

金門及馬祖地區於民國81年7月以前實施戰地政務，屬戒嚴法規定之「接戰地域」，依該法第7條之規定，地方行政事務及司法事務，移歸該地最高司令官掌管，其地方行政官及司法官應受該地最高司令官之指揮。因此戒嚴時期之戰地政務體制，戰地司法依法聽命於防區司令官最高指揮系統，且依戒嚴法第8條規定之特定案件，軍事機關並得自行審判，或交付法院審判之。因此馬祖地區刑事案件，自民國45年11月至76年10月10日成立「福建金門地方法院檢察署連江檢察官辦公室」為止，連江地區檢察業務均由軍法機關辦理。金馬地區戒嚴軍管期間長達43年，直至民國81年11月7日宣布解除戒嚴令，司法回歸憲政體制，檢察體制回歸常軌。

• 成立臨時法庭

本署前身為「福建高等法院厦門分院檢察處」，原設於福建省厦門市，民國38年9月間政府播遷來臺，僅餘所屬金門縣、連江縣（即馬祖列島），經政府慘淡經營建設，日益堅強。中央政府有鑑於法治之建設，乃政治有力之號召，毅然決然於民國40年10月由司法行政部頒行「福建高等法院厦門分院臨時庭開庭辦法」，並於同年11月6日在台北市設立辦公處，受理金門縣司法處覆判案件，所屬檢察官配置法院獨立行使其職務。

• 審檢分隸：

民國69年7月1日院檢分隸，法院組織法修正，高等法院以下各級法院由司法行政部改隸司法院，至於檢察官原配置制度，經分隸後，各級法院檢察處成為獨立機關，由人員配置改為機關配置，獨立行使檢察職權。「福建高等法院厦門分院檢察處」直隷「司法行政部」改名後之「法務部」，為直屬一級機構。

• 機關改制：

民國79年7月1日奉行政院核定機關改制，更名為「福建高等法院金門分院檢察署」，轄區包括福建省金門縣、連江縣（馬祖列島）。

本署於設立之初，辦公處所原設於台北市中華路（現址已無可考），後遷往司法院中庭一樓，並配合福建高等法院金門分院巡迴法庭，於受理上訴案件時始蒞金馬執行職務。

• 遷回金門辦公：

直至82年2月15日起遵照立法院司法委員會之決議，遷回金門辦公，並借用金門地檢署四樓辦公，97年7月31日奉法務部會議決議，自同年8月1日起本署台北辦公處廢設，全員遷回金門辦公。派任本署之檢察官不再兼辦法務部或臺灣高等法院檢察署相關業務。

• 機關更名（去法院化）：

本署機關名稱依照107年5月23日總統華總一義字第10700055461號令公布增訂法院組織法第114條之2規定，自107年5月25日起辦理更名為「福建高等檢察署金門檢察分署」，將原有「法院」二字移除，並維持其原有管轄區域不變，所轄二檢察機關分別為「福建金門地方檢察署」及「福建連江地方檢察署」。